肿瘤科是我院的传统优势项目，早在上个世纪七十年代，医院就成立了肿瘤治疗专科，经过几代人的努力，肿瘤治疗已成为我院的一大特色，荣获多项成果奖。1988年经省卫生厅批准成为“省第二肿瘤医院”，成为黑龙江省肿瘤治疗领域里的“奇葩”。为了进一步提升总医院在肿瘤治疗方面的科技含量和综合实力，医院投巨资2.5亿元人民币，引进了世界上最先进的肿瘤治疗设备和与之相配套的肿瘤诊断设备，其中包括美国GE公司生产的多排螺旋CT、MRI、DSA、PET-CT，瑞典ELEKTA公司生产的诺力刀、LEKSELL-C型(智能型)伽玛刀和东北首台LINDEN中子刀等大型医疗设备，并以此为基础，成立了“黑龙江省农垦总医院肿瘤治疗科”。
　　该科下设病房部、影像部、治疗部，技术力量雄厚，拥有国内外著名专家组成的专家顾问团和技术精湛的治疗队伍，使中心的诊疗技术达到国内先进水平。该科可为各种肿瘤病人制定一套最佳的治疗方案，包括现代最先进的肿瘤精确放疗、化疗、手术、介入、生物及中药在内的综合治疗方案。
　　热疗是医院投资1000万元建成的、在国内处于领先地位的临床与科研基地，拥有省内唯一一台美国产BSD2000深部热疗机， WE915微波热疗机二台，WE2450微波热疗机一台。中心技术力量雄厚，可为各期、各类肿瘤病人制定个体化的治疗方案。热疗除了可以治疗肿瘤的治疗外，还可以用于良性疾病的治疗，特别是各种炎症，如头颈部的上颌窦炎、鼻炎、咽炎、中耳炎;如科炎的盆腔炎、附件炎及宫颈糜烂，子宫出血;前列腺炎和急性骨膜炎等。

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