消化内科是农垦总局医院的重点科室，该科从建院开始成立，并在设备上引进国内外较为超前的仪器作为诊治的手段。病房以星级标准建成宽敞、明亮、舒适，装有先进的管理系统，医务人员素质较高，全科22名工作人员，有主任医师1名，副主任医师4名。另外该科进几年来指派专门医师到国内进修学习超声内镜新技术，是目前省内唯一掌握该技术的科室，该技术的引进对消化道肿瘤的诊治预后开拓了新的前景。
　　该科主要诊治消化系疾病，其擅长胆管系统疾病、终末期肝脏疾病、消化性溃疡、食管病变肠道病变及胰腺病变的诊治。肝胆胰疾病的诊断依托本院拥有的国内外最先进的影像设备64排CT及逆行胰胆管造影（ERCP）技术，其特异性、敏感性能达到95%以上，对胆管系统及胰腺的炎症、肿瘤、结石的确诊率达到96%以上，该科依托本院的微创手术可进行胰胆管系统结石取石术、支架置入术，成功率可达国内外的先进水平。费用低，创伤小，安全性强，并发症少。消化道出血为常见的对生命危害较大的急症疾病，该科对其诊治有其独到之处，内镜下曲张静脉套扎术、药物喷洒止血术、钛铗止血术、组织下注射止血术已达到国内先进水平，急性胰腺炎为该科的重点科研相关项目，近年来指派高职称医师到国内有名医院学习进修，其诊治技术以西医为主；结台中医的辨证理论，大大提高了诊治效果，重症胰腺炎的死亡率为15%左右，在该领域的治愈率已达到了一定的水平，近年为0死亡的记录。

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