儿童保健科前身为南京市儿童保健所，1998年有着50年悠久历史的南京市儿童保健所从南京市儿童医院迁并入南京市妇幼保健院，长久以来儿保一直承担着全市十一区两县儿童保健工作的业务指导工作，负责全市儿童的健康保健工作，科室实力强大，学科在临床医疗、教学、科研方面都具有较强的综合实力，是南京市的医学重点专科，学科水平在江苏省处于领先地位，在国内具有一定的声誉，尤其是在小儿营养、儿童早期教育、高危儿早期干预、儿童视力保健及口腔保健方面优势尤为突出，其它专业分支也具有较大的发展空间，是医院重点发展的学科。
　　儿童保健科高危儿干预中心(儿童早期康复中心)是对出生有高危因素(高危新生儿)或体检发现有发育偏离/落后的孩子进行随访、监测、评估与干预的医疗服务中心。中心由资深儿童保健专家带领诊疗小组，采用“评估—指导—训练—评估”的方法，随访监测孩子的生长发育，然后根据每个孩子的发育状况，进行家庭指导、早期干预，早期康复治疗。服务形式：预约就诊，由资深专家带领的诊疗小组，按阶段为每个孩子进行评估、指导、训练。服务内容：健康体检、发育监测、早期干预、训练或康复治疗。
　　儿童保健科儿童眼保健门诊：是儿童保健科的特色门诊，经过多年的不断探索，吸取国内外先进的技术经验，已形成一套全面、系统、规范的儿童视力及视功能检查、诊断、治疗和预防体系，尤其在新生儿眼病筛查、婴幼儿视力筛查、儿童屈光不正的矫治、儿童斜视和弱视的筛查、诊断及治疗的方面积累了丰富的临床经验，在国内具有一定的影响力和知名度。多次承办国家级全国儿童眼保健医师培训班。每年接待来自全国各地的近万例儿童，诊治近千例弱视儿童。
　　儿童保健科儿童早期发展中心(好宝宝俱乐部)是南京市妇幼保健院儿童保健科成立的一个具有全新现代健康医疗理念、以医教结合为服务特色的儿童保健服务中心。旨在为婴幼儿提供方便、专业、全面的儿童保健服务，满足家长对儿童保健的高层次、多样化的需求，呵护宝宝的健康，挖掘宝宝的潜能，使宝宝在早期得到全面发展。服务对象为0—3岁儿童，服务特色是将保健与教育相结合，由资深专家为宝宝进行一对一连续跟踪的健康检查与发育监测。再由宝宝的专职老师根据宝宝发育的情况，制定教学内容实施示范性个性化的教育。在“评估—指导—发展---再评估” 不断循环、递进这样的医教保健服务下，宝宝将发挥最大的潜能，得到最佳的发展。服务形式：会员制，预约就诊。

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