南京市儿童医院呼吸科是江苏省临床重点科室、南京医科大学硕士研究生点，中华医学会儿科分会呼吸学组委员及江苏省儿科分会呼吸学组组长所在单位。现有主任医师4名，副主任医师5名，硕士生导师2名，博士生5名，硕士生11名，临床及科研力量雄厚。近10年来，获得省厅级新技术应用二等奖3个、市科技进步奖一个、市卫生局新技术引进一等奖科一个、市卫生局科技进步奖六个，南京医科大学优秀科技成果二等奖。省科委立项3个，市卫生局课题7个，南医大课题3个。
　　80年代初呼吸科就开设了哮喘专科门诊，常规进行哮喘患者肺功能及体外过敏原测定，在哮喘的诊断和治疗方面一直与国际接轨。90年代以来按照国际统一的GINA方案治疗哮喘，取得了很好的治疗效果，是中华医学会呼吸分会指定的健康呼吸中心。共举办过13期儿童哮喘夏令营，40余次哮喘知识讲座及学习班，诊治病人上万人次。在哮喘的诊断和治疗方面具有丰富的临床经验，是中华医学会指定的全国健康呼吸中心。2006年建立了“过敏性疾病特异性免疫治疗中心”，采用国际标准化过敏原疫苗进行脱敏治疗，临床疗效显著，为哮喘的防治提供了新的手段,2010年被任命为国际标准化脱敏中心。
　　重症肺炎及肺部弥漫性疾病的诊断和治疗一直是呼吸科的重点工作，每年治疗、抢救多例重症肺炎患者，具有丰富的临床经验。为提高小儿肺炎治愈率，降低病死率，开展了一系列肺炎病原学检测工作，在国内最早报告小儿军团菌感染，在省内最先分离出RSV和腺病毒以及开展巨细胞病毒的检测和研究，并应用于临床，近5年来开展了肺炎支原体、衣原体及多种病毒病原学检测，为肺炎早期诊断及合理应用抗生素提供了依据。
　　呼吸科80年代在国内率先开展儿童肺结核短程化疗。每周均有结核病会诊，结核门诊随访病儿达3万人次，在儿童结核的诊断及治疗方面走在全省儿科的前列。
　　专科拥有亚洲第一台的婴幼儿体描仪和ISO肺功能仪，能开展从新生儿起各年龄段的肺功能检查。率先在省内开展儿童纤维支气管镜检查术，拥有多种型号的儿童纤维支气管镜及电子支气管镜，已安全地为数千名从新生儿起各年龄组患儿进行了纤支镜术，为儿童难治性肺部疾病如反复喘息不愈，肺不张、气管异物及先天性气管畸形等的诊断及治疗提供了新的手段。拥有儿童胃食道PH测定仪，慢性咳嗽诊断提供了新的手段。

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