中西医结合外科在中国工程院院士吴咸中教授的带领下，经过四十年的艰苦探索与实践，学科建设完善，科室设置齐全，医疗水平先进，科研教学效果显著。是国家级外科临床重点学科点，拥有高级职称人员25名，博士生导师3人，医学博士8人。形成了以吴咸中教授，崔乃强教授，秦明放教授为代表的老，中，青三代中西医结合高级人才梯队。设5个外科，重症监护病房，有全国胆胰疾病诊疗中心，内镜诊疗中心和超声诊断中心。
　　第一外科：是全国著名的中西医结合治疗急腹症的科室，以中西医结合治疗胃肠疾病为特色，对各类急性阑尾炎，溃疡病急性穿孔，急性肠梗阻，消化道出血等疾病的诊治在国内都居于领先水平。该科学术带头人罗连成教授，何清宇教授是国内知名的中西医结合治疗急腹症专家，具有丰富的临床经验。
　　第二外科：在授衔专家崔乃强教授领导下，技术力量雄厚，手术技巧规范，精湛。对腹部外科中疑难及危重疾病的治疗有较高水平，尤其是肝，胆，胰方面各类疾病的手术更居全国先进行列。全科医务人员业务水平高，其中博士，硕士是科内工作人员的主体。欢迎广大患者咨询或就医。
　　第三外科：以微创外科为特色，是我市最早开展腹腔镜手术的单位，依托全国中西医结合胆胰疾病诊疗中心，积极开展微创外科治疗，已被天津市列为腔镜外科应用研究基地。已完成各类胆石症，阑尾切除，疝修补术，结肠癌根治术的微创治疗8000多例，单纯性胆囊结石，胆囊息肉的病人99%可顺利经腹腔镜胆囊切除术治愈。对于急性梗阻性化脓性或坏疽性胆囊炎90%的病人可通过急诊腹腔镜胆囊切除术治愈。最近完成了国内首例利用十二指肠镜，腹腔镜，胆道镜三镜联合治疗胆道疾病，标志着腹腔镜技术已跨入国际先进行列。
　　第四外科：以中西医结合治疗消化道肿瘤为特色，科主任孔棣博士曾多次到日本留学，专门从事胆胰肿瘤的研究工作，对胃癌，结肠癌的治疗有深入的研究。最新引进了消化道肿瘤的介入治疗，其中包括局部化疗，点管栓塞疗法，肿瘤药物注射等先进治疗方法，疗效显著。
　　第五外科：是采取中西医结合方法治疗急腹症的科室。对治疗胆囊结石，胆总管结石，胆管炎，胰腺炎及各类阑尾炎，溃疡病，肠梗阻，消化道出血等疾病疗效显著。
　　重症监护病房：是南开医院危重症加强病房，承担疑难危重病人的抢救。内设床旁管道氧气，管道吸引，对讲机等先进设施和多参数床旁监护设备，心电图机，B超机，人工呼吸机，人工肾等设备，对术后患者可以进行床旁检查，诊断和治疗，使患者特别是高龄患者安全度过手术危险期，早日康复。
　　全国胆胰疾病诊疗中心：是经国家中医药管理句批准的重点建设学科。该中心学科带头人是中国工程院院士吴咸中教授，学术带头人是崔乃强教授，秦明放教授。设临床部及基础部，另临床部由第二外科，第三外科，消化内镜诊疗中心，超声诊断中心组成。中西医结合治疗胆囊结石，胆总管结石，急性重症胆管炎及急性重症胰腺炎，取得显著的疗效，居全国领先水。胆胰中心承担天津市及全国胆胰疾病患者的会诊任务。
　　消化内镜诊疗中心：是具有全国影响的腔镜外科基地，引进日本欧林巴斯电子内镜设别及日本东芝公司X光机，除了开展各种胃肠及胆胰疾病的内镜诊断外，广泛开展了内镜治疗，并以经十二指肠镜对胆胰疾病诊断为重点，通脱ERCP诊断胆胰疾病已一万余例，经内镜治疗各种胆胰疾病近三千例，诊疗成功率均达到98%以上，在国内居领先水平。内镜诊疗适用于：肝内外胆管结石，胆管狭窄（良，恶性）等胆道疾病及胰腺疾病;食道静脉曲张，狭窄，胃，结肠息肉，出血及异物的诊治等消化系统疾病。
　　超声诊断中心：该中心是天津市第一家腹部超声诊断单位。开展了多项新的B超影像学技术，如：对梗阻性黄疸的鉴别诊断，胆道系统结石的诊断及治疗前后的观测，急慢性胰腺炎的诊断及中西医合治疗中的B超动态监测，胃及十二指肠溃疡病穿孔的B超诊断，各类型急性阑尾炎的B超诊断，胃肠道肿瘤，炎症及肝，胆，胰，脾等腹腔内位性病变的B超检查，正确率95%以上，居国内领先水平。

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