针灸科是医院历史最为悠久的四个科室之一，于1960年7月成立。在六、七十年代曾云集陆瘦燕、黄羡明、朱汝功、金舒白、陈汉平等多位针灸名家，科室规模、技术力量、就诊病人数量，当时堪称沪上第一。
　　针灸科目前有14名医师，有高级职称医师10名，博士3名，硕士5名。每周门诊13个半天。多年来，针灸科始终坚持中医传统，传承老一辈针灸名师传统的针灸技术特色，包括针刺、艾灸、温针、火罐、三棱针等，并结合运用现代的电针、穴位注射、耳针、头针、穴位敷贴、穴位埋线等多种方法，治疗各科的常见病和疑难病，尤其在中风、面瘫、神经痛、关节痛、失眠、急慢性泄泻、单纯性肥胖，男科及妇科疾病方面取得了满意的疗效。
　　针灸科承担上海中医药大学博士、硕士研究生教育、临床医学系本科生《针灸学》的教学，也是世界卫生组织（WHO）上海国际针灸培训中心临床基地之一，为来自美国、德国、日本、英国、法国、意大利、加拿大、韩国、澳大利亚、芬兰、西班牙、俄罗斯等76个国家和地区的临床医师进行针灸学临床培训。
　　针灸科在科研上，负责完成了国家自然科学基金课题、国家科技部“十五”攻关（缺血性中风）项目、上海市科委重点科研项目（中风、针灸调节肿瘤免疫抑制）、上海市卫生局等多项科研项目。参加完成国家科技部“九五”重点科技攻关项目，国家自然科学基金重点项目，上海市科委重大攻关项目等。获中华中医药学会科技成果一等奖（第二完成单位），上海市科委科研成果奖。
　　针灸科在国际学术交流方面，科室多位医师先后赴德国、美国、日本、新加坡、芬兰、摩洛哥、泰国、越南等多个国家工作、讲学，开展学术交流，为弘扬中医针灸学作出了努力。
　　针灸科医疗特色：
　　中风康复专科为上海中医药大学A级专病专科。中风后运动功能障碍是中风后最为常见的症状，特别是中风后病人的肢体瘫痪、肌张力障碍和痉挛状态，严重影响病人康复。采用传统针灸、头针、电针、穴位注射，结合康复训练指导，改善患者生活能力、提高生存质量。
　　特色专科还有：面瘫专科、神经痛专科、颈椎病专科、失眠专科、排尿障碍专科、不孕不育门诊、针灸减肥门诊、“伏针”（冬病夏治、穴位敷贴）门诊、免疫相关疾病门诊（包括肿瘤免疫门诊）、外宾门诊、特需门诊等特色专科门诊。
　　针灸科针灸治疗优势病种：
　　神经系统疾病：中风后遗症、面瘫、偏头痛、三叉神经痛、肋间神经痛、坐骨神经痛、帕金森氏病、外伤后麻痹、周围神经炎、小儿麻痹症、美尼尔氏综合征、痴呆。
　　运动系统疾病：颈椎病、落枕、肩周炎、椎间盘突出、急性腰扭伤、肌肉痛和萎缩、肌肉痉挛、关节炎、关节扭伤、网球肘、腕管综合症。
　　消化系统疾病：呃逆、急慢性结肠炎、便秘、腹泻、急慢性胃炎、胃酸增多症、消化不良、胃下垂。
　　呼吸系统疾病：咳嗽、哮喘、过敏性鼻炎、慢性鼻炎。
　　内分泌系统疾病：肥胖、糖尿病（肥胖、多发性神经炎）。
　　泌尿生殖系统疾病：男性：前列腺炎、排尿障碍、不育。
　　女性：排尿障碍、痛经、月经不调、胎位不正、不孕、产后缺乳。
　　免疫相关疾病：风湿性关节炎、类风湿关节炎、皮肌炎、强直性脊柱炎、肿瘤免疫力低下。
　　皮外、五官疾病：带状疱疹、神经性耳聋、耳鸣、急慢性扁桃体炎。
　　身心疾病：慢性疲劳综合症、忧郁、失眠。

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