泌尿外科是全国儿童医院中最早独立成科的的科室之一，为湖南省卫生厅重点专科成员之一，是集医疗，教学，科研为一体的专业儿童泌尿外科。因专科的不断发展壮大，2009年3月病房扩展为泌尿一科及泌尿二科。
　　泌尿一科拥有医护人员20余人，其中博士后1名，博士1名，硕士2名，高级职称3名，中级职称4名，设有专科床位49张。每年收治各种小儿泌尿生殖系先天畸形(如尿道下裂，肾积水，输尿管末端病变，隐睾等)，肿瘤及疑难杂症2千余例。对于常见泌尿生殖系统畸形的手术治愈率达到国内领先水平，对尿道下裂，一期手术治愈率达90%以上;针对肾积水，应用新技术“小切口肾盂输尿管离断吻合术”，切口小，创伤少，住院周期短，疗效满意，治愈率95%以上。针对输尿管末端病变，开创仿麦氏切口输尿管膀胱外位再植技术，切口隐蔽，效果明显，治愈率95%以上。目前在腹腔镜技术上有长足进展，在全国儿童医院中率先开展腹腔镜下隐睾下降，精索经脉高位结扎等手术，在小儿泌尿系肿瘤方面，采用手术，化疗，分期医治等方法，收到满意效果。近几年来，已实施或开展省，厅级科研课题4个，院级科研课题4个，新技术5项，在尿道下裂基因学研究，尿道下裂内分泌研究，隐睾组织相关原癌基因的研究，肾母细胞瘤癌基因研究，肾母细胞瘤癌基因抑制研究等课题研究方面取得了重大的进展;现正在申请省级成果一项，目前获专利一项。另有多项课题和新技术获院级科技奖励。并有一人次被评为院科技能手。在全国性学术期刊发表专业论文20余篇，其中，国内权威杂志(中华级杂志)上发表论文5篇，在省市级报刊发表科普文章20余篇，多次被评为医院的明星科室和先进集体。科室接受全国各地转诊，其中大量是疑难重症和首诊治疗失败的病例，在注重临床和科研工作的同时注重教学，承担着不同层次临床医学教学、实习及省内外小儿泌尿外科进修医务人员的继续医学教育任务。
　　泌尿二科现有医护人员20余名，其中高级职称4名，中级职称4名，博士、硕士研究生4名。科室在开展泌尿生殖系统常见先天性畸形矫治手术的同时，着重发展腔道泌尿外科、微创泌尿外科和儿童性发育异常的监测和诊治。对于常见泌尿生殖系统畸形的手术治愈率高，例如尿道下裂，一期手术治愈率达90%以上;肾积水治愈率95%以上。科室着重发展微创泌尿外科，先后开展了腹腔镜技术、经皮肾镜技术、输尿管镜技术、尿道电切镜技术、膀胱尿道镜技术等等，并率先将钬激光技术引入泌尿外科开展微创手术，如儿童泌尿系结石、输尿管囊肿尿道瓣膜等等都采用微创手术。科室很早成立了儿童性发育监测和诊疗中心，特别在男童肥胖性性发育异常、儿童性分化异常的诊治有较深的研究。科室目前拥有Accu-Tech钬激光机，OLYMPUS腹腔镜高清成像系统，德国WOLF全套小儿输尿管镜，肾镜，膀胱镜，电切镜。多台阴茎短小治疗仪和肥胖治疗仪等等。科室注重教学科研工作，近三年来，已开展或完成省、厅级科研课题3个，院级科研课题6个， 15项新技术，其中《先天性尿道下裂神经内分泌变化及SRY基因的研究》获湖南省医药科技进步二等奖，另有多项课题和新技术获院级科技奖励。在全国性学术期刊发表专业论文30余篇，在省市级报刊发表科普文章40余篇，参编了3本儿科专著。

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