男科是集医、教、研于一体的临床科室，是教育部“211工程”建设科室，北京市重点学科。科室创建于上世纪80年代，经过二十多年的努力，充分发扬传统医学的特色优势，迄今已发展成为国内一流的、在国内外具有一定知名度的专业科室。是教育部硕士、博士授予点，博士后流动站，是中国性学会中医性学专业委员会、中华中医药学会外科分会、北京中医药学会男科专业委员会挂靠科室，是上述学术团体主任委员和秘书长科室，是《中医外科学》、《实用中西医结合泌尿男科学》、《中医男科学》主编科室，是慢性前列腺炎等疾病国家中药新药临床研究标准的制定科室。
　　男科设置为男科门诊和男科实验室。具有新型精子分析仪、尿流率仪、核医学（男性激素五项）、前列腺B超治疗仪等先进设备；开展中西医结合诊治男科常见病、疑难病为主，其中尤以前列腺疾病、男性不育症、性功能障碍、男性更年期综合症、男性亚健康、生殖道感染为重点。
　　男科临床：在慢性前列腺炎的治疗上，中医药治疗有明显的优势，承担了多项前列腺炎、前列腺增生症的临床新药观察；在男性不育精液不液化、少弱死精子、生殖道感染等治疗方面，中医药治疗疗效显著；在男性性功能障碍治疗上，突出中医特色，实行中西医结合，将提高性功能与增强体质、中药扶正固本的长效与西药的速效、治疗基础病与治疗性功能障碍相结合，取得了明显疗效，获得了阶段性成果。研制出疗效确切的中药新剂型补肾生精丸、龙子丸、四物五子丸、液化丸、前列栓等，申请和开展一批相关的科研课题，充分发挥中医药优势，形成新的特色。
　　男科科研：北京中医药大学东直门医院男科的科研项目——“补肾生精丸治疗男性不育症的临床和实验研究”获得2010年中华中医药学会科学技术二等奖。
　　男科教学：李曰庆：曾获北京市高等院校优秀教学成果一等奖和二等奖各1项，国家级优秀教学成果二等奖1项等。李海松：优秀教师、创普男科全国讲师团。王彬：北京地区青年男科医师讲者。

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