呼吸中心成立于20世纪80年代初，1992年挂牌重庆市“儿童哮喘防治中心”，2005年成立重庆医科大学“儿童过敏性疾病诊治中心”，2008年评为重庆市医学专业重点学科，2010年认证为国家药监局儿童药物临床试验基地。现拥有两个病房(床位>100张)、全日哮喘专科门诊及特需门诊，建立与国际接轨的支气管哮喘规范化诊断、治疗、长期随访管理。成熟开展儿童肺功能室、儿童纤维支气管镜室、儿童呼吸病研究室等集临床、教学、科研与培训为一体，学术水平居西南地区第一、整体实力全国领先。年专科门诊量逾2万人次，年住院病人约7000人，临床专科服务辐射重庆本地以及四川、云南、贵州、陕西、湖北、河南、新疆等其他省市。先后获得国家级课题13项，省部级课题10项，科研经费逾500万元、重庆市卫生局重点学科建设经费100万元，医院配套重点专科及实验室建设经费200余万元，发表学术文章200余篇，SCI文章20余篇，获得省部级/厅局级科技进步奖13项，参编著作、教材6本。
　　主要诊治疾病包括：各种社区获得性肺炎、院内获得性肺炎、支气管哮喘、毛细支气管炎、气管支气管软化狭窄、迁延性肺炎、疑难重症肺炎、闭塞性毛细支气管炎、胸膜腔疾病、咯血、支气管-肺先天畸形、气管-支气管异物、特发性肺含铁血黄素沉着症、支气管扩张、弥漫间质性肺疾病、免疫缺陷合并肺部等呼吸疑难疾病。
　　常规开展的临床技术项目包括：多种过敏原皮肤点刺与血清过敏原检测及标准化特异性免疫治疗、氧疗、空气压缩雾化吸入治疗、壁挂式吸痰、震动排痰、血气分析测定、胸腔穿刺、肺功能(基础、舒张试验、激发试验、脉冲震荡)、支气管镜技术、肺CT检查、胸腔镜肺活检等。在特色技术方面：近5年共完成儿童纤维支气管镜术上千例;婴幼儿/儿童基础肺功能测定、激发试验、舒张试验13万人次;肺CT(平扫、高分辨、增强、气道重建、血管重建)7千余人次。
　　依托临床检验中心、分子医学中心及儿童呼吸病学实验室开展包括新发偏肺病毒、人类博卡病毒等十余种病毒病原、细菌病原培养与耐药监测、肺炎支原体、衣原体等多种病原检测，呼吸道病原学检测水平居国内领先。近年还开展了呼吸系统疑难疾病基因诊断。

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