包头医学院第二附属医院于1991年经内蒙古卫生厅批准成立了内蒙古消化病研究中心；1993年经内蒙古卫生厅批准，扩建为内蒙古消化病研究所；1997年由内蒙古卫生厅确定为自治区消化病领先学科；1998年与日本欧林巴斯株式会社协议，成立内蒙古内窥镜培训中心，已培养消化内镜医师23人;2000年第六届中华医学会消化学会决议，由北京协和医院、上海长海医院、西安医科大学第 二附属医院、内蒙古消化病研究所共同组成中华消化学会胃肠动力研究专业组，指导和推进全国胃肠功能研究工作，确定了内蒙古消化病研究所在全国的领先地位；2001年，经内蒙古高教委评定，我所为包头医学院临床内科硕士研究生培养基地，现梁国士、陈言东、杨耀娴任硕士研究生导师；2001年，内蒙古消化病演技所被评为内蒙古电力集团先进集体；2002年，包医二附院内蒙古消化病研究所在全自治区学科建设评比中，名列消化内科第一，评为内蒙古自治区重点学科。
　　内蒙古消化病研究所以医疗、科研、教学三位为一体，消化研究所位于二附院9层门诊大楼北副楼1-3层，设有消化病普通门诊、专家门诊、肝病门诊、胃肠系列电子镜检查室、电子胃镜室、电子肠镜室、电子十二指肠镜室、胃肠功能检查室、食道(胃)测酸(侧芽)及胃电图室、胃磁土室、消化疾病实验室、消化病、肝病实验室、基因检查室、结肠病治疗室、内镜、器械消毒、准备室、胆道镜室、脂肪肝治疗室等。消化病房为独立病房，设有单人、双人、三人间病房及高干病房，并设有病人活动室、热饭间等。

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