消化内科专业成立于1999年，设有专业病房及专业门诊，拥有床位40张。专业月门诊量近3000人次，每年收治专业系统疾病800~1000人次，在全国小儿消化方面处于前列。消化专业现有医师14人，其中主任医师3名、副主任医师5名、主治医师3名、住院医师3名，其中具有博士学位2人，硕士学位3人。学术带头人徐樨巍主任医师、教授、硕士生导师，在临床一线工作已20余年，现为中华医学会小儿分会消化学组学术委员及北京小儿消化学术组专家组组长。承担及合作承担国家课题三项。
　　消化内科在医院的大力扶持下，消化科建立了电子胃镜室、胶囊内镜室、胃肠动力室以及下消化道疾病内外科诊治平台，胃镜室为国内最早开展儿科胃镜检查的单位之一，从1998年起还与本院外科合作成功开展了结肠镜检查项目，能够针对各个年龄段儿童进行电子胃镜、结肠镜、胶囊内镜、胃电图、24小时pH监测、24小时胆汁监测、食道压力测定及直肠压力测定等检查并能进行结肠镜下息肉摘除术、胃镜下取异物术、空肠喂养管置管技术及超声引导下肝穿刺活检术。根据临床工作需要，消化内科划分了4个专业方向：胃肠、胃肠动力、肝胆胰和内镜。各部分保持已形成的特色医疗优势，并充分利用现有的资源优势和人员优势，分别从胃肠道疾病诊疗技术、胃肠动力和功能性疾病诊疗技术、肝胆胰腺疾病诊疗技术、消化内镜诊疗技术为研究方向，积极拓展科研思路，开展新技术、新业务，推动学科的发展和学术水平的提高，以为国内消化疾病患儿提供更好的医疗服务。专业组不但擅长诊治儿科常见的消化系统疾病如腹泻病、胃炎、胃食管返流病、消化性溃疡病、婴儿肝炎综合征等，而且对疑难病症如难治性腹泻病、小儿溃炎性肠病、急慢性胰腺炎、嗜酸粒细胞性胃肠炎、小肠淋巴管扩张症、慢性假性肠梗阻等的诊治，以及对小儿消化急重症如中毒型痢疾、消化道大出血、急性出血坏死性小肠炎、重度脱水等的抢救和处理亦具有丰富经验。
　　消化内科课题：近五年来，与CDC病毒所合作承担十五攻关课题一项；与北京大学第三医院等合作承担十一五国家科技支撑项目：我国幽门螺杆菌感染诊断和治疗的规范化研究；承担吴阶平医学基金会肝病实验诊断研究基金课题：希特林蛋白缺乏所致婴儿肝内胆汁淤积症SLC25A13基因突变研究；并入选北京市人才培养计划和北京市科技新星计划。
　　消化内科近五年在核心期刊上发表各类文章50余篇，参编译书籍12部。其中在核心期刊上发表与幽门螺杆菌感染有关的文章共20余篇，如北京地区2430例小儿消化道疾病胃镜分析、过敏性紫癜与幽门螺杆菌感染关系的探讨、40例消化道疾病幽门螺杆菌根除前后胃镜和病理改变等。近年参与了国家“十一五”科技支撑计划课题“我国幽门螺杆菌感染诊断和治疗的规范化研究”，其中儿童HP感染的流行病学资料、内镜下表现、药敏及规范化治疗等结果填补了国内外相关领域的空白，得到了国内外本领域学者的一致认可，引起了广泛关注，相关论文已被国外Helicobacter杂志接收。

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