肝胆外科是学院、附属医院重点学科，硕士研究生培养点，科室技术力量雄厚、设备先进、人员业务素质高，是川南肝胆胰及普通外科疾病诊治、科研、教学的中心。科室有教授2人、副教授3人、享受国务院政府津贴专家及四川省有突出贡献优秀专家1人、其它各级医护人员20余人;设有环境舒适的专科病床65张，拥有电视腹腔镜、胆道镜、胰十二指肠镜、冷极射频治疗机、多功能监护仪、血糖诊断仪、远红外理疗机等先进医疗设备。
　　科室主要诊疗病种有：各类肝胆结石、胆囊结石病;肝癌、胆管癌、胰腺癌及其它良恶性肿瘤;急慢性胰腺炎、肝硬化、门脉高压症;甲状腺、乳腺、脾、胃、结直肠外科疾病。常规开展各类肝胆胰和普外科胆道镜取石、胰十二指肠镜、胃镜、肠镜等检查。在处理各类胆石病、急性重症胰腺炎、重症胆管炎、肝手术、电视腹腔镜微创外科手术、肝胆胰肿瘤等疾病方面居于国内先进地位，2004年，科室与小儿外科合作，成功实施西南地区首例连体婴儿分离手术，近年又成功实施肝移植手术多例，在国内外产生较大影响。

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