肛肠外科是医院的特色专科，也是全军少数设有独立肛肠外科专科的医院之一。现担任全国肛肠学会理事1人，全军肛肠学会理事1人，江西省肛肠学会常务理事1人，江西省大肠癌专业委员会1人。主任医师1人，副主任医师2人。展开床位30张，每年收治省内外及军内大量肛肠疾病患者。有肛门测压.全电脑肛肠治疗仪等先进检查治疗仪器。在直肠癌保肛，原位肛门重建，直肠脱垂，家族性结肠息肉病，肛门直肠狭窄，痔疮，复杂性肛瘘，肛乳头肥大，化脓性汗腺炎，出口梗阻性便秘等多个疾病的诊治水平在省内处于领先，并形成专科优势。

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