北京大学深圳医院原名“深圳市中心医院”坐落在美丽的莲花山畔，是深圳市政府投资建成的集医疗、教学、科研和预防为一体的现代化三级综台性医院。医院于1999年底建成开业，2000年9月，深圳市政府与北京大学、香港科技大学签署合作协议，首开我国院-校紧密型合作办医的先河，张立深圳北京大学香港科技大学医学中心，将医院纳入北京大学附属医院管理体系。2001年3月医院正式更名为“北京大学深圳医院”和“北京大学深圳临床医学院”，成为北京大学首家异地合作办医的医疗机构，开展了优势互补，双赢发展的有益探索。 2011年被评为三级甲等医院，2017年通过三级甲等医院复审。
医院占地面积5.9万平方米,总建筑面积21.2万平方头，编制病床1600张，职工2800余名,其中硕士研究生以上学历人员占员工总数的29%以上，有海外留学经历人员100多名。2018年，医院年门急诊总量约292万人次，年出院病人近7.4万人次，年手术量4.9万台次。

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