南京市第二医院（东南大学附属第二医院），由宋美龄基金会创建于1933年，有77年历史。南京市肿瘤医院、南京市老年病医院与我院合署，南京市肿瘤防治办公室也设在南京市第二医院。医院专业设施完善，技术力量雄厚，医疗设备先进，是集医疗、教学、科研为一体的江苏省三级甲等医院。现任院长赵伟博士是江苏省医学领军人才，江苏省传染病学科带头人，卫生部表彰的全国卫生系统先进个人，享受国务院政府特殊津贴。
南京市第二医院地处六朝古都南京市鼓楼区，占地面积38880平方米，建筑面积61556平方米，拥有一栋现代化的20层门诊病房大楼，核定床位600张。在建工程有建筑面积3.8万平方米的医技病房大楼，建成后床位将扩大至1000张。2009年全院诊疗总人次26万，出院人次8955，床位周转次数18.8，床位使用率99.1%，业务收入2.1亿元。现有在职职工839人，医技人员659人，占75%。正高级专家教授37人，副高级专家教授77人，博士7人，在读博士6人，硕士97人。江苏省医学领军人才和省突出贡献的中青年专家2人，省333工程人才，市拔尖人才、行业技术带头人24人。现有职能科室19个，临床科室16个，医技科室9个。全国学会副主委1人，委员3人，省级学会主任委员1人，副主任委员4人，常委13人，委员10人。
南京市第二医院设有肝病内科、外科、妇产科、儿科、感染病科、中西医结合科、门急诊、ICU、人工肝治疗中心、血液净化及肾脏科、肿瘤科、消化科、老年病科、骨科、皮肤性病科、放射科、放疗科、肝病检测中心、体检中心等临床医技科室。门诊设有相应的专科及专家特色门诊，同时开设心血管科、呼吸科、神经内科、免疫科、内分泌科、血液科等内科门诊。医院有3个省级诊疗技术中心，省市重点学科、专科6个。2009年5月被确定为第一批江苏省综合(专科)医院示范中医科建设单位。2010年2月4日，国家中医药管理局[国中医药函(2010)34号]发布通知，南京市第二医院成为江苏省唯一被国家中医药管理局确定的中医药防治传染病重点研究室建设单位。
南京市第二医院拥有价值数千万的高精尖医疗设备。包括64排螺旋CT、磁共振、西门子直线加速器、模拟定位仪、腔内后装治疗机，美国数字胃肠X光机、菲利浦C臂X光机、CR、DR、美国产GE彩超、三维立体放疗系统、瑞典核苷酸多态分析系统、美国雅培免疫分析系统、雅培全自动生化分析仪、流式细胞仪、基因DNA核酸测序仪、日本超速离心机、英国程序冷冻仪、美国全波长酶标仪、定量PCR仪、血气分析仪、特定蛋白分析仪、瑞典产血液透析机、人工肝支持系统、MARS分子吸附人工肝，以及无创、有创呼吸机和心电监护仪等先进仪器设备，为医院的医疗及科研工作的开展提供了保证，使医院各种检查及检测项目准确性和精确率都处于全省领先水平。
南京市第二医院作为东南大学医学院附属医院、南京大学医学院、南京医科大学、南京中医药大学、南通大学教学医院、东南大学医学院硕士研究生培养点及省级医学继续教育基地之一，其科研水平得到公认。近六年获科研成果38项，其中部级奖2项，省科技进步奖4项，省卫生厅新技术引进一等奖4项，二等奖10项，南京市政府科技进步奖14项，其中一等奖3项，二等奖1项，三等奖10项。已完成省部级科研项目10项，目前正承担的国际合作项目1项，国家重点专项1项，省部级项目10项，编写专著7部，获专利证书1项。发表SCI论文25篇，中华系列期刊论文50余篇。医院每年承担东南大学本科5个班，研究生2个班，南京大学研究生1个班，南京中医药大学留学生4个班的教学任务，已独立

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