兰州大学口腔医学专业筹建于1984年，1985年正式成立了口腔医学系，同年开始招收口腔临床医学专业三年制大专生，1988年投资扩建了原兰州医学院第一附属医院口腔科，成立了兰州医学院口腔门诊部，作为口腔临床医学生主要的临床教学基地。1989年开始招收口腔临床医学专业五年制本科生。1995年独立选址建立了新的口腔临床教学实习基地——兰州医学院口腔门诊部，2000年通过教育贷款进行了改造扩建，提升了门诊部的临床教学职能和社会服务功能。同年，口腔专业挂靠基础医学院病理学与生理学硕士生培养点开始招收和培养研究生。2002年通过甘肃省卫生厅审批在原门诊部基础上筹建口腔医院。2003年，口腔临床医学硕士点经国务院学位办审批通过。2004年，随着原兰州医学院并入兰州大学，在原兰州医学院口腔医学系和口腔门诊部的基础上，以优势互补、资源共享为原则，联合兰州大学第一、二院口腔学科的资源及力量，正式成立了兰州大学口腔医学院、口腔医院及口腔医学研究所。2009年获得口腔医学硕士专业学位授权、2010年获得口腔医学一级学科硕士学位授权，2010年口腔修复学获甘肃省卫生厅重点学科，2011年成为国家级口腔医师实践技能考试与考官培训基地，2012年口腔医学一级学科成为甘肃省重点学科（培育），2013年经甘肃省保健委员会批准为甘肃省干部口腔保健基地医院，2014年口腔医院取得独立法人资格，2017年晋升为三级甲等口腔专科医院。兰州大学口腔医学院与口腔医学院实行“院院合一”的管理体制。

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