福建医科大学附属第二医院（福建医科大第二医院）、第二临床医学院是泉州地区现代医学的发祥地，是我省主要的医疗、教学、科研基地之一，是闽南地区最早的一所三级甲等综合性医院及博士、硕士研究生学位授权点单位。医院始建于1881年，为英国教会医院，原名“惠世医院”，解放后，改为晋江专区第二医院。1973年升格为福建医科大学附属第二医院。2000年成为福建医科大学第二临床医学院，2002年成为福建医学会风湿病学分会主任委员单位，2012年成为福建医学会变态反应学分会主任委员单位。
福建医科大学附属第二医院病床编制1470张，设有鲤城和东海两个院区，鲤城院区占地24.57亩，目前开放病床1030张；在建的东海院区占地142.6亩，规划床位1000张。目前医院有在编人员1155人，合同制人员425人，高级职务人员268人，其中正教授21人、副教授80人，有卫生部有突出贡献中青年专家1人、国务院特殊津贴专家5人、全省百千万人才6人、全省卫生系统跨世纪学术和技术学科带头人19人、福建医科大学学科带头人10人，兼任全国学（协）会委员、常委、副主任委员6人次，省级学（协）会副主任委员以上30人次，有博硕士281人。
福建医科大学附属第二医院倡导科学精神与人文精神相结合的治院方略，历来以外科技术精湛著称，上世纪四、五十年代率先在泉州地区开展大、中型外科手术，并为泉州地区培养了大批医学骨干力量。近二十年来，内科领域在相关学科带头人开拓领导下，学科建设长足发展，多个二级专业跃入省内先进水平。目前眼视光学与低视力康复及国内首创的支气管封堵术等专项技术达国际先进水平，过敏免疫风湿病学、胎儿和介入性超声、支气管镜介入、脑卒中筛查、骨质疏松性骨折预防、微创技术、粒子植入、骨科生物力学、PICC等技术处于国内先进水平，其中风湿病与自体免疫病学是福建医科大学重点培育学科，医院是国家卫生部脑卒中筛查与防治基地、卫生部骨质疏松性骨折二级预防项目协作单位，是卫生部和中国残联认定的低视力康复工程试点单位，是福建医学会风湿病学分会及过敏反应学分会主任委员单位，目前正在创建国家级呼吸内镜培训基地。医院是泉州市疑难急危重症和孕产妇抢救中心。
福建医科大学附属第二医院拥有核磁共振成像系统（MRI）、数字减影血管造影机（DSA）、螺旋CT、数字化胃肠造影机、流式细胞仪、PCR仪、彩色多普勒超声心动图、腹部彩色超声波、血液透析机、体外循环机、电子直线加速器、数字高频摄片机、骨密度仪、乳腺钼靶、体外震波碎石机、神经电生理检查仪、电子胃镜、电子肠镜、电子支气管镜等先进仪器设备。
福建医科大学附属第二医院有优秀的人才、精良的设备和完备的医学专科为广大民众提供了全方位的医疗、保健服务，医院目前年门诊量近百万人次、住院量4万多人次、完成各类手术2万余台。
福建医科大学附属第二医院作为福建医科大学第二临床医学院及省级医学继续教育基地之一，设有13个医学教研室，现有博士研究生导师4人、硕士研究生导师38人，1998年开始招收全国统招硕士研究生、2003年开始招收全国统招博士研究生，先后培养了214名博、硕士。医院积极举办继续医学教育项目和学术会议，近五年来共有国家级25项、省级58项，培训和推广各类适宜技术。
福建医科大学附属第二医院注重医疗技术创新，倡导“创新、求实、严谨、规范”实验室室训，依托自身免疫病研究室、介入超声研究室、肝胆研究二室、耳鼻喉研究三室、手外科研究室、糖尿病研究室、肾病研究室、骨科生物力学研究室、睡眠呼吸研究室等9个研究室和中心实验室，大力

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