医院始建于1952年，前身为安徽省第六康复医院(俗称三康医院)。是一所集医疗（含中医）、教学、科研、预防、保� ⒖蹈础⒓本任惶宓南执酆闲远都椎纫皆骸�1954年5月正式收治病员，收治对象为志愿军、解放军。当时医院有工作人员297人，设有门诊部及内、外、五官、口腔、助产、针灸、理疗X光室等科室。
1956年8月更名为安徽省慢性病医院。
1957年12月成立安徽省立第三医院。
1958年8月，省卫生厅决定将省立第三医院下放巢县，正式更名为“巢县人民医院”。
1984年1月，县级巢湖市成立，更名为“巢湖市人民医院”。
1995年3月，被安徽省卫生厅授予“二级甲等综合性医院”。
1999年7月，巢湖撤地设市，医院整体上划，更名为“巢湖市第二人民医院（正县级）”。
2011年8月，随着行政区划调整，医院为合肥市卫生局所属巢湖第二人民医院。
2013年12月，医院参加安徽省第二批县级公立医院改革，实施药品零差率管理
2013年医院参加合肥市二级甲等医院复核评审工作，2014年4月16日接到合肥市卫生局通知，经市级专家组评审并经省卫生厅核准，医院顺利通过二级甲等医院复审考核。
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