对于甲状腺滤泡状癌和乳头状癌，当前国内外公认的最好治疗方法是：甲状腺全切或近全切+放射性碘131治疗+甲状腺激素抑制治疗。

不同的治疗方案有不同的治疗效果，综合治疗是最佳选择。甲状腺全切或近全切、甲状腺全切或近全切+甲状腺激素抑制治疗、甲状腺全切或近全切+放射性碘131治疗+甲状腺激素抑制治疗复发的危险分别为34%、11%、2.7%。

手术治疗：彻底的手术切除是甲状腺滤泡状癌和乳头状癌最基本的治疗方法。除肿瘤直径小于1厘米且局限于甲状腺内的，均应行甲状腺全切或近全切，不主张行甲状腺次全切及单叶切除。

放射性碘131治疗：术后残留的甲状腺组织(包括残留的癌组织)、甲状腺滤泡状癌和乳头状癌的复发灶或转移灶能摄取131碘，碘131发出的β射线可以杀死癌细胞，达到治疗的目的。

甲状腺激素治疗：甲状腺激素治疗可抑制人体生成血清促甲状腺素，而血清促甲状腺素能促进甲状腺癌细胞的生长。因此，甲状腺激素治疗能够去除促进甲状腺癌细胞的生长的环境，达到治疗的目的。