舌咽神经痛局限于舌咽神经及迷走神经耳支、咽支支配区，即咽后壁、扁桃体窝、舌根和外耳道深部等，可向外耳、颞、乳突、下颌、舌侧和齿龈放射。扳机点多位于舌根、扁桃体或咽部，故常在做张口、伸舌、谈笑、进食、打呵欠或咳嗽等动作时诱发疼痛。患者做这些动作时极其小心，惟恐触发疼痛，因而影响饮水、进食等日常活动。在严重发作期，患者有时可伴有咳嗽、喉痉挛以及同侧唾液增多等。性质与三叉神经痛相似，疼痛性质为刀割、针刺、触电样，骤发，程度剧烈，多无先兆，骤起骤止，每日发作数次或数十次，发作期过后，常有自然静止期，在此期间，一如常人。在大多数病例有明显的发作期和静止期。病初，静止期可常达数月或数年，但不会自愈。而后越发越频，严重者终日剧痛不止。约10%的病例可发展为迷走舌咽性晕厥，即发作时心动过缓、心律紊乱、低血压、晕厥、抽搐甚至心脏停搏。约10%的舌咽神经痛合并三叉神经痛，有的病人还可伴有喉上神经痛等。