低促性腺激素性闭经见于垂体功能低下或下丘脑功能低下。

垂体功能低下见于垂体肿瘤的破坏，空蝶鞍综合症、垂体前叶功能减退(Sheehan综合症)、原发性垂体GnH缺乏、高催乳激素血症。垂体微腺瘤需要手术或相应的药物治疗(见催乳激素分泌异常”)、垂体功能不可逆者，如果需要生育，应用GnH促排卵有良好的效果。不需要生育者，可采用人工周期。

下丘脑功能障碍见于颅咽管瘤需做手术，术后如果下丘脑功能不能恢复者，可用GnH促排卵或脉冲式GnRH促排卵。

Kallmann综合症(遗传病，闭经和嗅觉丧失，低GnH和女性发育不良)性腺发育不良者，应用雌激素替代治疗，促使生殖器官和第二性特征发育。生殖器官特别是子宫发育良好者，可以应用GnH促排卵或脉冲式GnRH促排卵。

神经性厌食，全身性疾病等患者应改善一般营养状态，纠正心里疾患。如仍然不排卵，可以应用克罗米酚、GnH或脉冲式GnRH促排卵。