幸运的是与组织胞浆菌病有关的严重并发症是很少见的。这些并发症包括：

1在肺腔壁的内层形成纤维组织，挤压了食道、心脏或肺部影响它们发挥正常功能。

2淋巴结肿大，挤压了气管、食道或胸部的大血管。

3使肺部组织留下疤痕。

4失明，如果感染扩散到眼部，就可能发生。

如何治疗呢?一般支持疗法很重要，如加强营养，给富有营养的饮食和适量的维生素B和C，必要时可输液、输血或血浆等。药物治疗如二性霉素B、庐山霉素、球红霉素等。局限性皮肤或肺部局限性病损者，可以手术切除

解决组织胞浆菌病的最好方法是避免暴露在引起感染的马尔尼菲青霉中以下步骤有助于预防感染：

当你暴露在被鸟或蝙蝠感染的泥土中时戴口罩或者呼吸器。污染地区喷洒3%的福尔马林(这会杀死真菌)。