舌咽神经痛疼痛部位在一侧舌根、软腭、扁桃体和咽部，疼痛性质为阵发性。少数表现为耳部疼痛，但多位于耳深部或耳后。进食可诱发或加重疼痛，可伴有三叉神经痛。有上述临床表现，以40%的的卡因喷涂于咽部，疼痛消失即可确诊。

舌咽神经痛的治疗药物首选卡马西平，开始0.1克，每日两次，以后每天增加0.1克，直到疼痛停止。后再逐渐减少，找出最小有效量维持，一般为 0.6-0.8克/天。 常见的药物副作用有头晕、嗜睡、口干、恶心、皮疹等，长期服用可导致再生障碍性贫血、肝功能损害、智力和体力的衰弱等，必须注意观察，每1-2月复查肝功和血常规。偶有皮疹、肝功能损害和白细胞减少，需停药。

微血管减压术是舌咽神经痛根治的首选方法。 引起舌咽神经痛的主要原因为颅内血管对神经的压迫，用手术方法将压迫神经的血管从舌咽神经根部移开，疼痛就会消失。由于微血管减压术是针对舌咽神经痛病因的进行治疗，去除血管对神经的压迫后，约90%以上的患者疼痛可以完全消失，并保留神经的其他功能，达到彻底根治的目的。 微血管减压术治疗舌咽神经痛，不仅能解除疼痛，又保留了神经功能，优点较多。但有的患者术中未发现压迫的血管，必须进行舌咽神经切断术，术后会出现咽部麻木、口干和舌根部味觉减弱。