1.发热性疾病

如以发热为主翼现者，需与伤寒，败血症，结核，风湿热和系统性红斑狼疮等相鉴别。

2.心力衰竭

以心力衰竭为主翼现伴有低热或无发热者，应与心脏病并发心力衰竭相鉴别。

3.风湿性心肌炎

活动性风湿性心肌炎与本病的鉴别较困难，因二者均可有发热，贫血，血沉增快以及心脏损害，但如有栓塞，脾大，血尿，杵状指及血培养阳性，特别是二维超声心动图检查发现有较大赘生物，则支持感染性心内膜炎的诊断。

4.左房黏液瘤

有时本病和左房黏液瘤不易鉴别，但感染性心内膜炎患儿赘生物出现在左心房内少见。

5.手术后心内膜炎

需与下列两种疾病相鉴别：

(1)心包切开综合征 发生于切开心包的心脏手术后数天至数周，表现为发热，胸痛，心包腔和(或)胸腔积液，白细胞增多，血沉增快，有时发生心包填塞，需行心包穿刺排出积液，本症为自限性疾病，口服阿司匹林或激素有效。

(2)术后灌注综合征 多于体外循环后3～6周发病，临床表现有发热，纳差，肝脾大，胸腔积液及不典型淋巴细胞增多等，本病因术中用血时巨细胞包涵体病毒污染所致，亦为自限性疾病，治疗方法与心包切开综合征相同。