生育年龄的女性，如果出现继发性痛经﹑性交痛﹑慢性盆腔痛以及大便痛等病史，特别是如果还合并不孕，就高度怀疑子宫内膜异位症。腹腔镜可以直接观察到盆腔各个部位，并发现子宫内膜异位症的早期病变。对可疑的病灶，还可取活检进行病理检查。因此目前认为腹腔镜是诊断的金标准。

但不是所有的患者都需要做腹腔镜，症状轻的患者或者无法经行腹腔镜检查的患者，可以通过医生仔细的妇科检查或者查血、B超等方式确诊。