在免疫学意义上，B淋巴细胞是扁桃体和腺样体主要的器官细胞。 B 淋巴细胞占所有扁桃体淋巴细胞的60%， T淋巴细胞构成其余的 40%。免疫反应性淋巴细胞或淋巴样细胞分布在腺样体和扁桃体内4个不同的区域，即Reticular cell epithelium，Extra follicular areas， Mantle zone和 Germinal centre of follicles。

腺样体和扁桃体参与诱导分泌免疫(secretory immunity)。在调节分泌免疫球蛋白过程中发挥了至关重要的作用。这在婴幼儿免疫成熟前期具有特殊的意义。扁桃体和腺样体在抗原摄取作用的过程或多或少类似于肠上皮细胞的派尔氏结(Payer‘s patche——在黏膜免疫应答中具有非常重要作用的肠相关淋巴组织)。

事实上，扁桃体特别重要的功能之一是直接运送外源性物质给淋巴样细胞，同样扁桃体隐窝在这个机制中发挥着至关重要的作用。这些隐窝不仅增加了扁桃体的表面积，它还传输抗原至淋巴滤泡。

人类扁桃体免疫最活跃的年龄在 4-10 岁之间，病理状态下(病毒感染、抗菌素使用导致的菌群失调和过敏)免疫活跃可更早至婴幼儿期，即1岁之前至3岁的免疫成熟前期。青春期之后，扁桃体内的淋巴细胞比率( T:B 细胞)下降。 长期反复的扁桃体炎和腺样体炎的患者，其扁桃体和腺样体表面的上皮细胞炎症导致免疫活性细胞脱落和抗原呈递作用下降，最终被分层鳞状上皮细胞替代。这些变化转而导致局部的B细胞系统活性减低，最终使B细胞产生的抗体减少。肥大的腺样体随年龄增加，开始萎缩。

与复发性扁桃体炎相反，这些变化在腺样体肥大中并不明显，而且腺样体中的免疫调节功能仍然完好无损。腺样体和扁桃体作为重要的免疫器官，从属于整个消化道黏膜免疫系统。

新近的研究显示了腺样体在持续免疫应答中的作用和肥大受病毒感染、过敏和包括环境因素在内的影响。

综上所述，腺样体肥大早期积极正确治疗是可以降低手术率的。任何免疫刺激或增强药物的使用还缺少科学依据。