粪便是食物在体内经消化的产物。粪便检测对于了解消化道及通向肠道的肝、胆胰腺等器官有无病变，间接地判断胃肠、胰腺、肝胆系统的功能状况有重要价值。

粪便标本的采集通常采用自然排出的粪便，用干净洁净盛器留取新鲜标本，不得混有尿液或其他物质，如做细菌学检查，标本应盛于无菌加盖容器内立即送检。粪便标本有脓血时，应当挑取脓血及粘液部分涂片检查，外观无异常的粪便要多点取样检查。对某些寄生虫及虫卵的初筛检测，应采取三送三检，因为许多肠道原虫和某些蠕虫卵都有周期性排出现象。

从粪便中检测阿米巴滋养体等寄生原虫，应在收集标本后30分钟内送检，并注意保温。粪便隐血检测，病人应素食三天，并禁服铁剂及维生素c，否则容易出现假阳性。无粪便又必须检测时，，可经肛门指诊检测。