扁平苔藓的病因还不明确，可能与下列因素有关：

⑴精神因素发病与失眠、情绪波动、更年期或经前期精神紧张有关，这些因素去除后，病情即可缓解。

⑵内分泌因素临床可见有的女性OLP患者在妊娠期间病情缓解，哺乳后月经恢复时，病损又复出现。

⑶免疫因素是一种口腔黏膜以T细胞介导的炎症病变，T淋巴细胞由局部微血管外渗，后移行至口腔上皮，聚集在扁平苔藓病损内。用皮质类固醇及氯喹等免疫抑制剂有效，证明本病与免疫有关。

⑷感染因素通过病理切片及电子显微镜检查，发现病损内有可疑的病毒与细菌。

⑸微循环障碍因素据国内多项调查提示，高黏血症及微循环障碍与扁平苔藓的发生有关。⑹组织病理具有特征性。表皮角化过度，颗粒层呈据灶性楔形增厚，棘细胞不规则增厚，表皮突呈锯齿状，基底细胞液化变性，真皮上部淋巴细胞呈带状浸润，真皮乳头层可见胶样小体及嗜黑素细胞。