有很多疾病的症状相似，尤其是传染性疾病，所以正确的鉴别诊断非常有必要。传染性软疣的临床上有蜡样光泽的圆形或半球形丘疹，中央脐凹状，可挤出干酪样物与组织病理具有特征样，易于诊断，生殖器部位损害有性活跃年青者，应检查有无性病，较大皮损应与基底细胞癌，角化棘皮瘤鉴别。主要应注意汗管瘤和丘疹型荨麻疹相鉴别诊断：

1.汗管瘤：好发于女性眼睑周围，为针头至米粒大小的小结节，密集，正常肤色或淡褐色，质坚硬，中心无软疣小体，不传染。

2.丘疹性荨麻疹：儿童常见的过敏性皮肤病，初为纺锤状水肿性红色斑丘疹，渐为坚硬小疱，顶端突起，无凹陷，无小体排出，剧痒。