女性生殖器官发育分为两个阶段：性未分化阶段与性分化阶段。

1.性未分化阶段

(胚胎6～7周之前)：在此阶段，男性和女性胚胎具有相同的原始性腺、内生殖器、外生殖器。

(1)原始性腺由胚胎卵黄囊处的原始生殖细胞迁移，后周围生发上皮形成性索并包围原始生殖细胞形成。

(2)内生殖器始基起源于原肾中的中肾，在中肾管外侧，体腔上皮向外壁中胚叶凹陷成沟，形成副中肾管。此时期的胚胎含有中肾管和副中肾管两种内生殖器官始基。

(3)外生殖器雏形形成胚胎第5周左右，原始泄殖腔两侧组织成褶，并在中线上不融合，形成生殖结节，尿生殖隔将原始泄殖腔褶分隔成前后两部分，前方为尿生殖褶，后方为肛门褶。

2.性分化阶段

(直到胚胎12周，临床上才可明显区分性别)性分化取决于睾丸决定因子和雄激素。

(1)性腺分化胚胎6周后，原始性腺开始分化。Y染色特上有一个Y基因决定区域，编码睾丸决定因子(TDF)，TDF通过相应手提，一方面导致性腺皮质退化，另一方面促使性索细胞转化，最终促进睾丸形成;若胚胎细胞不含Y染色体，不会促成睾丸形成，约在胚胎12周，原始性腺发育，后原始生殖细胞分化，最终形成卵巢。

(2)内生殖器衍变胚胎8周，睾丸支持细胞可分泌一种糖蛋白——副中肾管抑制因子(MIF)，可使副中肾管退化，并启动睾丸间质细胞分泌睾酮，睾酮作用于中肾管，使其分化成输精管、附睾、射精管以及精囊。若副中肾管不退化，在胚胎9周，双侧副中肾管上段形成输卵管，下段融合，其间纵行间隔消失，形成子宫阴道管，并与下方泌尿生殖窦项链，形成阴道。

(3)外生殖器发育在内生殖器分化同时，在体内睾酮的调节下，生殖结节分化成阴茎，泌尿生殖褶融合、闭合，阴唇阴囊隆突发育成阴囊;若体内无睾酮作用，生殖结节增大形成阴蒂，同时泌尿生殖褶形成小阴唇，阴唇阴囊隆突发育成大阴唇。