小儿扁桃体肥大以生理性肥大者居多，部分此类患儿伴有慢性扁桃体炎。

生理性扁桃体肥大常与遗传体质有关，故可存在家族性。婴儿时期(1～3岁)，人体免疫功能的活性物质(免疫球蛋白等)主要从母体所带来。约二至三岁后，这些免疫物质被基本消耗而不足，则通过局部免疫功能(腭扁桃体、咽扁桃体)的提供而得以自我保证。扁桃体既然提供免疫功能，就需要有组织结构上的发达，正常情况下，这些扁桃体的发达程度一般不足以引起扁桃体的过度肥大。

由于儿童期系统免疫功能的不足，因此对局部免疫功能的需求量较大，扁桃体的自我发育就比较旺盛，对于那些先天性不足(遗传因素)，以及后天性发育尚不完善(如骨髓造血功能不足，免疫功能不足，与中医所谓先天不足，脾肾亏虚有关)的儿童(特别是在6、7岁前)就容易形成扁桃体过度的增生。

此种过度的增生为人体自我免疫调节功能所引起，故称为“生理性扁桃体肥大”。所以，如果有口咽部腭扁桃体生理性肥大时(容易发现)，也往往存在腺样体(咽扁桃体)生理性肥大。随着年龄的增长，人体的骨髓造血功能、系统免疫功将逐渐增强，对扁桃体这种局部免疫功能的依赖性逐渐减少，因此，扁桃体也就逐渐萎缩，并最终失去它存在的价值而至完全萎缩。