输尿管膀胱连接部正常解剖和抗反流机制，使其能适应膀胱的充盈和空虚状态。各种原因致反流时，使部分尿液在膀胱排空后仍停留在输尿管中，从而为细菌从膀胱上行到肾脏提供了通路，因此反流常并发尿路感染，可表现为急性肾盂肾炎或无症状的慢性肾盂肾炎过程，80%的反流肾其组织学改变与肾盂肾炎一致。1959年Hodson首先发现肾瘢痕多见于泌尿系感染反复发作的小儿，并观察到有肾瘢痕的小儿中，97%有膀胱输尿管反流，因此提出“反流性肾病”这一概念。肾瘢痕的产生与反流的严重程度相关，反流越严重，发生瘢痕进展或新瘢痕的机会越高。新生儿及婴儿的集合管相对粗大，易于发生肾内反流，故患重度反流的小婴儿更易产生肾瘢痕。反流对肾功能的影响与尿路不完全性梗阻对肾脏的影响是一样的。

反流时上尿路内压增加，远端肾单位首受其害，因此肾小管功能受损早于肾小球。无菌反流影响肾小管的浓缩能力，且持续时间较长。肾小球功能在有肾实质损害时受影响，并与肾实质损害的程度成正比。反流可以影响肾脏的发育，如抑制其胚胎发生，导致肾发育不全或肾发育异常;而长期反流的病儿发生肾脏不生长等情况。反流病人发生高血压的机会较高。高血压的发生与肾瘢痕有关，肾瘢痕越多，发生高血压的危险越高，患双侧严重瘢痕的小儿随访20年以上，20%有高血压，单侧病变者为8%。如反流未能有效控制，肾瘢痕进行性发展可导致肾功能衰竭。原发性膀胱输尿管反流一般随年龄增长逐渐好转，可能是因输尿管膀胱壁内段和膀胱三角区肌肉的生长和成熟之故。