抗生素是治疗性药物。确实有些药物能够起到一定的预防效果，但那是针对慢性病，比如阿司匹林可以对肿瘤提供一定的预防作用。对于传染性疾病而言，能够起到预防性的只有能够刺激出免疫反应的疫苗。
用抗菌药物预防细菌性感染不仅从理论上不可能，而且被实践证明了。磺胺问世后，人们认为经常服用这种药可以预防细菌感染，结果导致在很短的时间内许多细菌产生了对磺胺的耐药性，青霉素和链霉素问世后，也是重蹈覆辙。只有当细菌感染存在时，抗生素才能产生效果。在没有细菌感染存在的情况下，抗生素只能促进细菌产生耐药性。
病毒性治疗药物也一样，由于病毒感染的特性，病毒性治疗药物通常要在感染初期服用，被很多医生认为是能够起到预防的效果，因此滥用非常严重，其后果同样是促成病毒产生耐药性。
除了促进细菌耐药性之外，抗生素滥用对于患者个人的最大影响是伤害了存在于口腔和消化道中的菌群，因为抗生素不问青红皂白地杀死所有细菌。存在于口腔和消化道的菌群中有很多是对人体有益的细菌，经常使用抗生素会改变这些菌群的结构。例如研究发现，经常使用抗生素，会使得口腔菌群出现耐药性，并把耐药基因转给肠道菌群。
研究发现，由于抗生素对肠道菌群的影响，服用抗生素者食物中毒的危险性是不服用抗生素者的五倍。抗生素摧毁了肠道正常菌群对人体的保护功能，使得人体更容易被细菌感染。一有病就使用抗生素，使得很多人对细菌感染非常敏感。抗生素滥用最直接的危害是减弱人体防御能力的自毁长城行为，使得全民体质下降。