丙肝是可治愈的，乙肝不能治愈但可以控制，只是需长期规范抗病毒治疗。对于丙肝，通过3到6个月纯口服药物治疗，90%的患者病毒可得到清除。乙肝通过抗病毒治疗，使病毒水平降到最低，减少肝硬化和肝细胞癌的发生，降低肝硬化腹水、肝昏迷、消化道出血等并发症发生率。
抗病毒药物要选择世界卫生组织和各国指南优先推荐的高效低耐药的药物。国际上有的乙肝治疗药物国内基本都有。治疗乙肝有干扰素和口服药物两大类。干扰素包括短效的普通干扰素和长效的聚乙二醇干扰素，口服药物，世界卫生组织推荐的恩替卡韦、替诺福韦酯中国也都有。对于丙肝，到现在为止国内用的最多的是干扰素和利巴韦林。
治疗中要定期随访和检测，观察疗效，同时还要观察可能出现的不良反应。只要能够做到这些，大部分患者可以提高生活质量。