多发生于扁桃体上隐窝中，如此处长期阻塞，分泌物引流不畅，干酪样物积聚，致不易溶解的钙、镁等无机盐沉积而成结石。在有纤毛菌丝的周围亦常可发生结石。

结石可为一个或多个，从芝麻至核桃大小，若结石周围有化脓感染，可有咽痛不适与反射性耳痛;重者感吞咽困难，言语含糊不清，口涎增多，张口受限等。有感染时，常自觉口臭。有时结石可自扁桃体上陷窝或舌腭弓处破出。

中医院扁桃体专科疗法特别，将扁炎软膏(原名：“扁咽消”、“扁炎消”)直接贴于下颌部与扁桃体相对应处，以达到清热解毒，消肿散结的目的。扁炎软膏属纯中药贴剂，作用直接，在急性发作时贴有治疗作用，在不急性发作时贴有清除病灶的作用，可以使反复发作的扁桃体炎不反复发作。